רוב שנותיו סדר לימודו היה בגפו, אך במהלך השנים למד עם מספר חברותות, בהם רבי אלעזר צדוק טורצ'ין (עמו הוציא את ספרו שונה הלכות), הרב חיים ישראל שפירא, הרב אברהם גולדשמידט ורבי גדליה נדל. איתם למד הרב קניבסקי את התלמוד הבבלי והירושלמי.
חסר כאן חברותא, רבי בערל וינטרויב זצ"ל הוא למד הכי הרבה עם הגר"ח זצ"ל ואיתו הוציא את הספרים הנודעים דרך אמונה