FlyBase
 |
FlyBase (מאנגלית: פלייבייס) הוא מסד נתונים מקוון בתחום הביואינפורמטיקה והמאגר העיקרי של נתונים גנטיים ומולקולריים עבור משפחת החרקים התסיסניתיים (דרוזופילה)[1], ובעיקר עבור תסיסנית המחקר.
אודות המאגר
מקור המידע בFlyBase מגיע ממגוון מקורות, החל מפרויקטי גנום ועד לספרות המחקר. סוגי נתונים אלה כוללים פנוטיפים מוטנטיים, אפיון מולקולרי של אללים מוטנטיים, סטיות אחרות: מפות ציטולוגיות, דפוסים של זן הבר, תמונות אנטומיות, מבנים והחדרות מלאכותיות של גנים ממינים אחרים[2], מודלים של גנים ברמת רצף וסיווג מולקולרי של תפקודי תוצר גנים[3].
כלי שאילתה מאפשרים ניווט של FlyBase דרך דנ"א או רצף חלבון, לפי שם גן או מוטציה, או דרך מונחים ממספר אונטולוגיות המשמשות ללכידת נתונים פונקציונליים, פנוטיפיים ואנטומיים. מסד נתונים מציע מספר כלי שאילתה שונים על מנת לספק גישה יעילה לנתונים הזמינים ולהקל על גילוי קשרים משמעותיים בתוך מסד הנתונים[4].
קישורים בין FlyBase לבין מסדי נתונים חיצוניים, כגון BDGP[5] או modENCODE[6], מספקים הזדמנויות לחקירה נוספת לתוך מסדי נתונים אחרים של אורגניזמים ומשאבים אחרים של מידע ביולוגי ומולקולרי[7]. פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום[א] של חוקרי זבובי תסיסנית ומדעני מחשב מאוניברסיטת הרווארד ואוניברסיטת אינדיאנה, ואוניברסיטת קיימברידג'.
רקע
תסיסנית המחקר הייתה אורגניזם ניסיוני מאז תחילת המאה ה-19, ומאז הוצבה בחזית תחומי מחקר רבים[8]. כאשר תחום המחקר הזה התפשט והפך גלובלי, חוקרים שעבדו על אותן בעיות היו זקוקים לדרך לתקשר ולנטר את ההתקדמות בתחום. נישה זו מולאה בתחילה על ידי עלונים קהילתיים כמו שירות המידע של תסיסנית (DIS), שראשיתה ב-1934 כשהתחום החל להתפשט מהמעבדה של תומאס האנט מורגן. החומר בדפים אלה הציג 'קטלוגים' קבועים של מוטציות, וביבליוגרפיות של ספרות התסיסנית. עם התפתחה תשתית מחשבים בשנות ה-80 וה-90, הניוזלטרים הללו פינו את מקומם והתמזגו עם רשימות התפוצה באינטרנט, ואלה הפכו לבסוף למשאבים ונתונים מקוונים.
בשנת 1992, נתונים על הגנטיקה והגנומיקה של זבוב הדרוזופילה ומינים קשורים היו זמינים אלקטרונית דרך האינטרנט דרך קבוצות המידע הממומנות: BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project), EDGP (European Drosophila Genome Project), ו-FlyBase. קבוצות אלו זיהו שרוב סוגי הנתונים של פרויקט הגנום והקהילה חופפים. הם החליטו שזה יהיה בעל ערך להציג לקהילה המדעית תצוגה משולבת של הנתונים. באוקטובר 1992, המרכז הלאומי לחקר הגנום האנושי של ה-NIH מימן את פרויקט FlyBase במטרה לתכנן, לבנות ולשחרר מסד נתונים של מידע גנטי ומולקולרי לגבי דרוזופילת המחקר. נכון ל-2021, פרויקט FlyBase מבוצע על ידי קונסורציום[א] של חוקרי תסיסנית ומדעני מחשב באוניברסיטת הרווארד, אוניברסיטת קיימברידג' (בריטניה), אוניברסיטת אינדיאנה ואוניברסיטת ניו מקסיקו[9].
תוכן
FlyBase מכיל ביאור מלא של הגנום של זבוב הדרוזופילה ומתעדכן מספר פעמים בשנה[10] הוא כולל גם ביבליוגרפיה הניתנת לחיפוש של מחקרים על גנטיקה של תסיסנית במאה האחרונה. ניתן לחפש מידע על חוקרים נוכחיים, ואילן יוחסין חלקי של מערכות יחסים בין חוקרים נוכחיים, בהתבסס על רישום המדען המשתתף. האתר מספק גם מסד נתונים גדול של תמונות הממחישות את הגנום המלא, וכמה סרטים המפרטים את העובר.
כאשר מחפשים ציטולוגיה ישנם שני כלים עיקריים זמינים. שימוש ב-Cytosearch[11] לצורך גנים או ליקויים ממופים ציטולוגיים, שלא מופו מולקולרית לרצף[12] BLAST[13], שימוש ב-Gbrowse[14] לצורך חיפוש רצפים, כניסות או בדיקות Affymetrix[15] ממופה מולקולרית.
ישנם שני כלי שאילתה עיקריים ב-FlyBase. כלי השאילתה הראשי הראשון נקרא Jump to Gene (J2G). כלי זה נועד לעבור לגנום מדויק כאשר המידע ידוע וכאשר המידע אינו ידוע ניתן להשתמש בכלי השאילתה QuickSearch. ניתן לבצע חיפוש בתוך סוג זבוב מסוים בלבד או בתוך כל המינים. ניתן לחפש נתונים שאינם גנים באמצעות תפריט "מחלקת נתונים".
קישורים חיצוניים
ביאורים
הערות שוליים
- ^ חוקרים רבים, FlyBase 2.0: the next generation, Nucleic Acids Research 47, 2018-10-26, עמ' D759–D765 doi: 10.1093/nar/gky1003
- ^ BDGP: Home, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2743315/
- ^ Crosby, Madeline A; et al. (2007). "FlyBase: Genomes by the Dozen". Nucleic Acids Research. Oxford Journals. 35 (Database issue): D486–D491. doi:10.1093/nar/gkl827. PMC 1669768. PMID 17099233.
- ^ Wilson, RJ; Goodman, JL; Strelets, VB (2008). "FlyBase: integration and improvements to query tools". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D588–93. doi:10.1093/nar/gkm930. PMC 2238994. PMID 18160408.
- ^ BDGP: Home, www.fruitfly.org
- ^ modENCODE, www.modencode.org (באנגלית)
- ^ Drysdale, R (2008). FlyBase: a database for the Drosophila research community. Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59. doi:10.1007/978-1-59745-583-1_3. PMID 18641940.
- ^ Pete Geiger (2002). "An Introduction to Drosophila Melanogaster". BIOLOGY.ARIZONA.EDU. אורכב מ-המקור ב-2 באוגוסט 2013.
{{cite web}}: (עזרה) - ^ "FlyBase:About". flybase.org. נבדק ב-26 במרץ 2019.
{{cite web}}: (עזרה) - ^ Rachel Drysdale, FlyBase, Totowa, NJ: Humana Press, 2008, Methods in Molecular Biology, עמ' 45–59. (באנגלית)
- ^ FlyBase: Cytosearch, https://flybase.org/cytosearch
- ^ Precomputed Files
- ^ FlyBase: BLAST, flybase.org
- ^ ' D. melanogaster: 15.16 kbp from 2R:13,437,314..13,452,475, flybase.org
- ^ FlyBase: BLAST, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC165568/
32888894FlyBase