בית הכנסת הפורטוגזי באמסטרדם בנוי על כלונסאות עץ העומדים במים, ואפשר לשוט בסירה מתחתיו (למטרות אחזקה בלבד). מסביב לבית הכנסת נבנו מבנים נמוכים היוצרים מעין חומה. המבנים כוללים את בית הכנסת החורפי (ששימש עד מלחמת העולם השנייה כ"ישיבה"), משרדים, ארכיב, מגורים של עובדי המקום, ספריית "עץ חיים", "מקווה" ובית טהרה. המבנים סוגרים בתוכם חצר פנימית ששימשה חצר משחקים בטוחה ומוגנת לילדי המתפללים.
